Publication in American Journal of Clinical Pathology

Am J Clin Pathol. 2015 May;143(5):672-82. doi: 10.1309/AJCPN25NJTOUNPNF.

Extensive Survey of STAT6 Expression in a Large Series of Mesenchymal Tumors.

Demicco EG, Harms PW, Patel RM, Smith SC, Ingram D, Torres K, Carskadon SL, Camelo-Piragua S, McHugh JB, Siddiqui J, Palanisamy N, Lucas DR, Lazar AJ, Wang WL.

Author information

Abstract

OBJECTIVES: 

Expression of strong nuclear STAT6 is thought to be a specific marker for solitary fibrous tumors (SFTs). Little is known about subtle expression patterns in other mesenchymal lesions.

METHODS: 

We performed immunohistochemical studies against the C-terminus of STAT6 in tissue microarrays and whole sections, comprising 2366 mesenchymal lesions.

RESULTS: 

Strong nuclear STAT6 was expressed in 285 of 2,021 tumors, including 206 of 240 SFTs, 49 of 408 well-differentiated/dedifferentiated liposarcomas, eight of 65 unclassified sarcomas, and 14 of 184 desmoid tumors, among others. Expression in SFTs was predominately limited to the nucleus. Other positive tumors typically expressed both nuclear and cytoplasmic STAT6. Complete absence of STAT6 was most common in pleomorphic liposarcoma and alveolar soft part sarcoma (60% and 72% cases negative, respectively).

CONCLUSIONS: 

Strong nuclear STAT6 is largely specific for SFTs. Physiologic low-level cytoplasmic/nuclear expression is common in mesenchymal neoplasia and is of uncertain significance.

Copyright© by the American Society for Clinical Pathology.

KEYWORDS: 

Immunohistochemistry; STAT6; Sarcoma; Solitary fibrous tumor

PMID:

 

25873501

 

[PubMed - in process]

"பணத்துக்காக பல்லை இளிக்கும் பரதேசிகளால் மனித இனம் பாழ்பட்டுக் கிடக்கின்றது"

எது அயோக்கியத்தனம்

அயோக்கியன் கடைந்தெடுத்த அயோக்கியத்தனம் செய்துகொண்டு 

யோக்கியமானவனப்போல நடித்துக்கொண்டிருப்பது 

எல்லா அயோக்கியத்தனத்திலும் கடைந்தெடுத்த அயோக்கியத்தனமாகும் 

Publication in Nature Medicine

Nat Med. 2015 Apr;21(4):344-52. doi: 10.1038/nm.3830. Epub 2015 Mar 30.

Targeting the MLL complex in castration-resistant prostate cancer.

Malik R1, Khan AP1, Asangani IA1, Cieślik M1, Prensner JR1, Wang X1, Iyer MK1, Jiang X1, Borkin D2, Escara-Wilke J1, Stender R1, Wu YM1, Niknafs YS3, Jing X1, Qiao Y1, Palanisamy N4, Kunju LP5, Krishnamurthy PM3, Yocum AK3, Mellacheruvu D6, Nesvizhskii AI7, Cao X8, Dhanasekaran SM1, Feng FY9, Grembecka J2, Cierpicki T2, Chinnaiyan AM10.

Author information

Abstract

Resistance to androgen deprivation therapies and increased androgen receptor (AR) activity are major drivers of castration-resistant prostate cancer (CRPC). Although prior work has focused on targeting AR directly, co-activators of AR signaling, which may represent new therapeutic targets, are relatively underexplored. Here we demonstrate that the mixed-lineage leukemia protein (MLL) complex, a well-known driver of MLL fusion-positive leukemia, acts as a co-activator of AR signaling. AR directly interacts with the MLL complex via the menin-MLL subunit. Menin expression is higher in CRPC than in both hormone-naive prostate cancer and benign prostate tissue, and high menin expression correlates with poor overall survival of individuals diagnosed with prostate cancer. Treatment with a small-molecule inhibitor of menin-MLL interaction blocks AR signaling and inhibits the growth of castration-resistant tumors in vivo in mice. Taken together, this work identifies the MLL complex as a crucial co-activator of AR and a potential therapeutic target in advanced prostate cancer. 

PMID:

 

25822367

 

[PubMed - in process]

ஆயிரமாயிரம் நட்சத்திரங்கள்

ஆயிரமாயிரம் உயிரினங்கள்

அண்ட சராசரங்கள் அனைத்திலும் ஒரு ஒழுங்கு

பாழாய்ப்போன மனிதர்களிடம் தான் 

எத்தனை ஒழுங்கீனம் !

எத்தனை ஏற்றத்தாழ்வு !

அரை குறை ஆடையுடன் ஆயிரம் மீட்டர் துணி நெசவு செய்தான்

 -நெசவாளி

துண்டு இடம் கூட இல்லாதவன் பல ஏக்கர் பயிர் செய்தான்

-கூலித்தொழிலாளி

அழுக்குத் துணியைக் கட்டிக்கொண்டு அடுத்தவன்  துணிக்கு வெல்லாவி  வைத்தான்

 -சலவைத் தொழிலாளி

தன் நிலை மறந்து பத்து பைசா பிச்சை போட்டவரை "நல்ல இருங்க சாமி" என்று  வாழ்த்தினான்

 -பிச்சைக்காரன்

தகரத் தட்டில் சாப்பிடுபவன் சமைத்ததை தங்கத் தட்டில் சாப்பிடுகிறான்-

பணக்காரன்

ஒண்ட இடம் கூட இல்லாத நிலையில் கட்டினான் பல மாடி கட்டிடம்

- கட்டிடத் தொழிலாளி

உழைக்கத் தெம்பிருந்தும் உட்கார்ந்து திங்க ஆசைப்படுகிறான்-

சோம்பேறி

பதிந்தது சில....பட்டியல் பெரிது ......

.ந.ப .

ஆசையைத் துற  என்று சொன்ன புத்தனைப்போல் வாழவேண்டுமென்று ஆசையாய்  இருக்கிறது .N.P.

வாழை

'தலையை வெட்டினாலும் தழைக்கும் '

"It is difficult for me to be nice with stupid people"

Publication in Prostate

This is the first study on the comprehensive molecular profiling of prostate cancer patients from Northern India

வெற்றிக்கு ஒரே வழி

வெற்றிக்கு ஒரே வழி 

"உழைப்பு "

கடவுள் இருக்கிறாரா ?

பல கையாலாகாத கபோதிகள் ஆன்மிகம் என்ற பெயரில் செய்கிற அயோக்கியத்தனத்தால் இவ்வுலகில் பலரது வாழ்க்கை நாசமாவதுதான் மிச்சம் 

 

ஆடைக்குள் அம்மணம்

ஆடைக்குள் அம்மணம்

எப்படி நிதர்சனமோ

மனிதர்கள் பேசுகின்ற

அத்தனை பொய்களிலும்

உண்மை உள்ளது நிதர்சனம்

.N.P.

கோவிலுக்குப் போனேன்

மனம் உருகிப்  பிரார்த்திக்கும் போது

அர்ச்சகர்

சாமிக்குத் தட்சிணை போடு என்றார்

கல்லான சாமியைக் கண்டு மனம் உருகி

தாராளமாய்ப்  போட்டேன்

மனமெல்லாம் நிறைந்து

கோவிலுக்கு வெளியே வந்தபோது

பிச்சைக்காரர்

சாமி பிச்சை போடுங்கள் என்றார்

உயிருள்ள மனிதனின் நிலையைக்கண்டு

மனம் இறுகிக் கல்லானது

சற்று சிந்தித்தபோது உறைத்தது

சாமிக்கு தட்சிணை போடுபவனும் நான்

பிச்சைக்காரனுக்கு பிச்சை போடுபவனும் நான்

கோவிலுக்கு உள்ளே ஆசாமியாக இருந்த நான்

கோவிலுக்கு வெளியே சாமியாகிவிட்டேன்

கல்லான சாமி எதுவும் கொடுக்கப்போவதில்லை

கோவிலுக்கு உள்ளேயும் வெளியேயும் கொடுப்பது நான்

ஆக,

என்னுள்ளேயே சாமி இருக்கிறது என்ற உண்மை புரிந்தது

கோவிலுக்குப் போவதை நிறுத்தி விட்டேன்

.N.P.

மகளிர் தினம்

கருவில் இருந்த போது

கருப்பையில் உதைத்தோம்

மழலையாய் இருந்தபோது

மடியில் உதைத்தோம்

மனிதனாக மாறியபின்னும்

மனம்நோக உதைக்காமல்

அன்னையை மதிப்போம்

அவள்தம் பெருமையை போற்றுவோம்

அனைத்து மகளிரும் அன்னையரே !!!

.N.P.

RESEARCHER IN THE SPOTLIGHT- READ DR.PALANISAMY'S INTERVIEW

INTERVIEW WITH

DR. NALLASIVAM PALANISAMY, PHD

http://www.rnascope.com/science/scientific-resources/researcher-in-the-spotlights/

கோவிலின் உள்ளே தட்டத்தில் போட்டால் தட்சிணை 

கோவிலின் வெளியே தட்டத்தில் போட்டால் பிச்சை

பத்து  ரூபா உள்ளே போட  தயங்காத மனசு

பத்து பைசா வெளியே போட தயங்குவதேன்

இந்த ஏற்றத் தாழ்வு மாறவேண்டும் 

கூட்டுக்குள் இருக்கும் வரைதான் புழு 

வளர்சிதை மாற்றத்தால் வளரும் வண்ணத்துபூச்சி 

 

மனிதா!!

கூட்டுப்புழுவாய் வாழாமல் 

சிந்தனையை மாற்று 

வாழ்க்கை வண்ணமயமாய் மாறும்

.N.P.

we can buy many round trip tickets during our lifetime
but always remember we have one way ticket only for our life
enjoy this trip to the fullest
there is no second chance to look back
do it right at the first time
-NP

Publication in Human Pathology

Hum Pathol. 2015 Jan 14. pii: S0046-8177(15)00014-3. doi: 10.1016/j.humpath.2015.01.006. [Epub ahead of print]

Cutaneous basal cell carcinosarcomas: evidence of clonality and recurrent chromosomal losses.

Harms PW, Fullen DR, Patel RM, Chang D, Shalin SC, Ma L, Wood B, Beer TW, Siddiqui J, Carskadon S, Wang M, Palanisamy N, Fisher GJ, Andea A.

Abstract

Cutaneous carcinosarcomas are heterogeneous group of tumors composed of malignant epithelial and mesenchymal components. Although mutation analyses have identified clonal changes between these morphologically disparate components in some subtypes of cutaneous carcinosarcoma, few cases have been analyzed thus far. To our knowledge, copy number variations (CNVs) and copy-neutral loss of heterozygosity (CN-LOH) have not been investigated in cutaneous carcinosarcomas. We analyzed 4 carcinosarcomas with basal cell carcinoma and osteosarcomatous components for CNVs/CN-LOH by comparative genomic hybridization/single-nucleotide polymorphism array, TP53 hot spot mutations by polymerase chain reaction and Sanger sequencing, and TP53 genomic rearrangements by fluorescence in situ hybridization. All tumors displayed multiple CNV/CN-LOH events (median, 7.5 per tumor). Three of 4 tumors displayed similar CNV/CN-LOH patterns between the epithelial and mesenchymal components within each tumor, supporting a common clonal origin. Recurrent changes included allelic loss at 9p21 (CDKN2A), 9q (PTCH1), and 17p (TP53). Allelic losses of chromosome 16 including CDH1 (E-cadherin) were present in 2 tumors and were restricted to the sarcomatous component. TP53 mutation analysis revealed an R248L mutation in both epithelial and mesenchymal components of 1 tumor. No TP53 rearrangements were identified. Our findings indicate that basal cell carcinosarcomas harbor CNV/CN-LOH changes similar to conventional basal cell carcinoma, with additional changes including recurrent 9p21 losses and a relatively high burden of copy number changes. In addition, most cutaneous carcinosarcomas show evidence of clonality between epithelial and mesenchymal components.
Published by Elsevier Inc.

KEYWORDS:Basal cell carcinoma; Carcinosarcoma; Clonality; Copy number analysis; Osteosarcoma; TP53

PMID:25704628

Webinar Presentation by Nallasivam Palanisamy - Feb 24, 2015

http://www.acdbio.com/science/scientific-resources/upcoming-webinars/

NEW US PATENT ISSUED - INVENTORS CHINNAIYAN PALANISAMY SHANKER

Webinar by Nallasivam Palanisamy February 24, 2015

If you are interested to attend, please sign up...

Elucidating tumor heterogeneity in prostate cancer by combined IHC & novel RNA ISH

Date: Tues, Feb 24th, 2015
         
          8:00 AM Pacific US Time | 11:00 AM Eastern US TIme | 5:00 PM Central European Time

PRESENTER:  Nallasivam Palanisamy, PhD | Associate Scientist | Department of Urology Henry Ford Health System, Detroit, MI

http://www.acdbio.com/science/scientific-resources/upcoming-webinars/

Adjunct Research Associate Professor

January 2015 -Joined as an ADJUNCT RESEARCH ASSOCIATE PROFESSOR in Pathology at the University of Michigan

http://mctp.med.umich.edu/about/people/profile?pid=11

Publication in Nature Communications

Nat Commun. 2014 Dec 22;5:5893. doi: 10.1038/ncomms6893.

Transcriptome meta-analysis of lung cancer reveals recurrent aberrations in NRG1 and Hippo pathway genes.

Dhanasekaran SM, Alejandro Balbin O, Chen G, Nadal E, Kalyana-Sundaram S, Pan J, Veeneman B, Cao X, Malik R, Vats P, Wang R, Huang S, Zhong J, Jing X, Iyer M, Wu Y, Harms PW, Lin J, Reddy R, Brennan C, Palanisamy N, Chang AC, Truini A, Truini M, Robinson DR, Beer DG, Chinnaiyan AM.

Abstract

Lung cancer is emerging as a paradigm for disease molecular subtyping, facilitating targeted therapy based on driving somatic alterations. Here we perform transcriptome analysis of 153 samples representing lung adenocarcinomas, squamous cell carcinomas, large cell lung cancer, adenoid cystic carcinomas and cell lines. By integrating our data with The Cancer Genome Atlas and published sources, we analyse 753 lung cancer samples for gene fusions and other transcriptomic alterations. We show that higher numbers of gene fusions is an independent prognostic factor for poor survival in lung cancer. Our analysis confirms the recently reported CD74-NRG1 fusion and suggests that NRG1, NF1 and Hippo pathway fusions may play important roles in tumours without known driver mutations. In addition, we observe exon-skipping events in c-MET, which are attributable to splice site mutations. These classes of genetic aberrations may play a significant role in the genesis of lung cancers lacking known driver mutations.

PMID:25531467  [PubMed - as supplied by publisher]

Publication in Oral Surgery Oral Medicine Oral Pathology Oral Radiology

Oral Surg Oral Med Oral Pathol Oral Radiol. 2014 Dec;118(6):703-12. doi: 10.1016/j.oooo.2014.09.012. Epub 2014 Sep 17.

Small cell carcinoma in the parotid harboring Merkel cell polyomavirus.

Fisher CA, Harms PW, McHugh JB, Edwards PC, Siddiqui J, Palanisamy N, Bichakjian CK, Benavides E, Danciu TE.

Abstract

OBJECTIVE: 

This study aimed to document three new cases of primary small cell carcinoma (SmCC) of the parotid and examine immunohistochemical and quantitative real-time polymerase chain reaction (qPCR) data of the recently developed Merkel cell polyomavirus (MCPyV) within these tumors.

STUDY DESIGN: 

Immunohistochemistry for neuroendocrine markers (chromogranin A, CD56, CD57, neuron-specific enolase [NSE], thyroid transcription factor 1 [TTF-1]), epithelial markers (CK20, CK7, CAM 5.2), and MCPyV large T antigen (LTAg) were examined. qPCR and Sanger sequencing were performed to confirm the presence of the MCPyV LTAg gene.

RESULTS: 

Two males and one female, average age 76 years, presented with left parotid masses. Clinical examinations, histories, and imaging studies were negative for cutaneous Merkel cell carcinoma (MCC), pulmonary and extrapulmonary SmCC, or any other malignancy. Immunohistochemical analysis demonstrated positive immunoreactivity for CK20 in a perinuclear dotlike pattern (3/3), CAM 5.2 (3/3), (2/3), NSE (3/3), CD56 (2/3), and CD57 (3/3). Two cases stained positive for MCPyV, showing moderate to strong, diffuse positivity, confirmed with qPCR. PCR-Sanger sequencing of LTAg exon 2 showed greater than 97% similarity to the MCPyV reference genome in both cases.

CONCLUSION: 

Our findings expand the number of reported cases classified as primary parotid SmCC that harbors MCPyV and underscore the similarity between cutaneous MCC and parotid SmCC. Further investigation is needed to determine whether immune-based therapeutic strategies targeting MCPyV in MCC are also effective in the setting of parotid SmCC harboring MCPyV.

Copyright © 2014 Elsevier Inc. All rights reserved.

PMID:25457888

Publication in Nature Communications

Nat Commun. 2014 Nov 21;5:5383. doi: 10.1038/ncomms6383.

The oestrogen receptor alpha-regulated lncRNA NEAT1 is a critical modulator of prostate cancer.

Chakravarty D, Sboner A, Nair SS, Giannopoulou E, Li R, Hennig S, Mosquera JM, Pauwels J, Park K, Kossai M, MacDonald TY, Fontugne J, Erho N, Vergara IA, Ghadessi M, Davicioni E, Jenkins RB, Palanisamy N, Chen Z, Nakagawa S, Hirose T, Bander NH, Beltran H, Fox AH, Elemento O, Rubin MA

Abstract

The androgen receptor (AR) plays a central role in establishing an oncogenic cascade that drives prostate cancer progression. Some prostate cancers escape androgen dependence and are often associated with an aggressive phenotype. The oestrogen receptor alpha (ERα) is expressed in prostate cancers, independent of AR status. However, the role of ERα remains elusive. Using a combination of chromatin immunoprecipitation (ChIP) and RNA-sequencing data, we identified an ERα-specific non-coding transcriptome signature. Among putatively ERα-regulated intergenic long non-coding RNAs (lncRNAs), we identified nuclear enriched abundant transcript 1 (NEAT1) as the most significantly overexpressed lncRNA in prostate cancer. Analysis of two large clinical cohorts also revealed that NEAT1 expression is associated with prostate cancer progression. Prostate cancer cells expressing high levels of NEAT1 were recalcitrant to androgen or AR antagonists. Finally, we provide evidence that NEAT1 drives oncogenic growth by altering the epigenetic landscape of target gene promoters to favour transcription. 

PMID:25415230[PubMed - in process] PMCID:PMC4241506

http://www.henryford.com/body.cfm?id=38441&action=detail&ref=5969

http://www.henryford.com/body.cfm?id=38441&action=detail&ref=5969

Webinar by Nallasivam Palanisamy

http://advancedcelldiagnostics.com/science/scientific-resources/webinars/elucidating-tumor-heterogeneity-in-prostate-cancer-by-combined-ihc-novel2

உழைத்துச் சம்பாதிப்பவன்

பெறுவது ஏற்றம்

உழைப்பைத் திருடித்தின்பவன்

பெறுவது ஏமாற்றம்

.ந.ப.

நோபெல் கண்டுபிடித்த டயனமைட்

தீவிரவாதிகளின் கையில் 

நோபெல் பெயரில் வழங்கும் பரிசு 

தீவிரவாதத்தை ஒடுக்க நினைப்பவர்களின் கையில் 

விந்தையான உலகம்
.N.P.

Publication in Arch Pathol Lab Med

காமராஜ் 

அக்டோபர் 2, நினைவு நாள் 

(15 ஜூலை 1903 - 2 அக்டோபர் 1975)

காமராசர் 

நாகரிகமான அரசியலுடன் 

நாணயமான அரசாங்கமும்  தந்தார் 

காமராசர் 

சொன்னதுடன் சேர்த்து
சொல்லாததையும்  செய்தார் 

காமராசர் 
தனி ஒரு மனிதனாக களங்கமில்லாமல் 
செய்த சாதனைகளை 
கழகங்களாலும், கழகங்களுடன் 
"கை" கோர்த்தவர்களாலும் 
செய்ய முடியவில்லை  

 காமராசர் 
விட்டுச் சென்ற பணி  தொடர 
கட்டிய அணை நீர் 
கடை மடை செல்ல வழி செய்ய வேண்டும் 

காமராசர் 
கட்டிய பள்ளியில் 
கடைகோடி தமிழன் பயில வேண்டும் 

காமராசர் 
கட்டிய தொழிற்சாலைகள் 
தடை இல்லாமல் இயங்க வேண்டும்  

காமராசர் 

நனவாக்கிக் காட்டியதை 

கனவாக வாழ்ந்து கொண்டிருக்கிறோம் 

ராமராஜ்யம் கதை 

காமராஜ்யம் நிஜம்
 கனவு மெய்ப்பட வேண்டும் 

.ந.ப. 

Publication in J Cutan Pathol

J Cutan Pathol. 2014 Sep 26. doi: 10.1111/cup.12387. [Epub ahead of print]

Expression of the p40 isoform of p63 has high specificity for cutaneous sarcomatoid squamous cell carcinoma.

Lan TT1, Chen SJ, Arps DP, Fullen DR, Patel RM, Siddiqui J, Carskadon S, Palanisamy N, Harms PW.

Author information 

Abstract

Cutaneous spindle cell malignancies such as sarcomatoid squamous cell carcinoma (SCC), leiomyosarcoma, desmoplastic melanoma (DM), and atypical fibroxanthoma (AFX) may be morphologically indistinguishable, yet accurate diagnosis is important for appropriate clinical management. The distinction amongst these entities relies on immunohistochemical evaluation for epidermal, muscle, or melanocytic differentiation. Epidermal differentiation markers include cytokeratins and p63. p63 is expressed as two distinct isoforms, ΔNp63 (p40) and TAp63. p40 positivity is highly specific for pulmonary SCC and head and neck sarcomatoid SCC. We examined the utility of p40 versus p63 immunostaining in the differentiation of a variety of cutaneous spindle cell malignancies, including sarcomatoid SCC (n = 27), AFX (n = 34), and DM (n = 10). p40 was less sensitive than p63 for detecting sarcomatoid SCC (56% and 81% , respectively). p63 and p40 were comparably specific for sarcomatoid SCC relative to AFX, with only rare weak staining of tumor cells for p63 and/or p40 in a minority of AFX cases, including one case with approximately 10% of cells staining weakly for p40. All cases of DM were negative for p40 and p63. Our results support continued use of p63 for diagnosis of cutaneous sarcomatoid SCC due to greater sensitivity relative to p40.

This article is protected by copyright. All rights reserved.

KEYWORDS: 

atypical fibroxanthoma; cutaneous spindle cell; deltaNp63; p40; p63; squamous cell carcinoma

PMID:

 

25263756

 

[PubMed - as supplied by publisher] 

Activating mutations of the oncogene EZH2 in cutaneous melanoma revealed by next generation sequencing

Activating mutations of the oncogene EZH2 in cutaneous melanoma revealed by next generation sequencing

Activating mutations of the oncogene EZH2 in cutaneous melanoma revealed by next generation sequencing

புகழ்

பணம் 

எது நிலையானது?

இரண்டுமே எப்படிச்  சம்பாதிக்கிறோம் என்பதைப் பொருத்தது 

அமிலம் வீசும் அவலம்
அதன் மேல் வீசுவோம் அமிலம் 

Mangalyan Success

Mangalyan Success

Congrats to ISRO Team

செவ்வாய் கிரக தோஷம்-

இது மூடநம்பிக்கை

செவ்வாய் கிரகத்துக்கே  சென்ற தேசம்-

இது தன் நம்பிக்கை

நாசா செய்ய முடியாததை

லேசா செய்து காட்டிய

இஸ்ரோ இன்று ஹீரோ 

என்னைப் பற்றிக்  கேலி பேசலாம்

என்னைப் போல் உழைக்க முடியுமா?