Please Read

If You Succeed in "CHEATING" Someone, Dont Think That The Person Is A Fool. Realize That The Person "TRUSTED" You Much More Than "YOU DESERVED"

-YAAROO

Publication in Cell

Resource

Expressed Pseudogenes in the Transcriptional Landscape of Human Cancers

Shanker Kalyana-Sundaram, Chandan Kumar-Sinha, Sunita Shankar, Dan R. Robinson, Yi-Mi Wu, Xuhong Cao, Irfan A. Asangani, Vishal Kothari, John R. Prensner, Robert J. Lonigro,Matthew K. Iyer,Terrence Barrette, Achiraman Shanmugam, Saravana M. Dhanasekaran, Nallasivam Palanisamy, Arul M. Chinnaiyan. http://dx.doi.org/10.1016 /j.cell.2012.04.041

Summary

Volume 149, Issue 7, 22 June 2012, Pages 1622–1634

Pseudogene transcripts can provide a novel tier of gene regulation through generation of endogenous siRNAs or miRNA-binding sites. Characterization of pseudogene expression, however, has remained confined to anecdotal observations due to analytical challenges posed by the extremely close sequence similarity with their counterpart coding genes. Here, we describe a systematic analysis of pseudogene “transcription” from an RNA-Seq resource of 293 samples, representing 13 cancer and normal tissue types, and observe a surprisingly prevalent, genome-wide expression of pseudogenes that could be categorized as ubiquitously expressed or lineage and/or cancer specific. Further, we explore disease subtype specificity and functions of selected expressed pseudogenes. Taken together, we provide evidence that transcribed pseudogenes are a significant contributor to the transcriptional landscape of cells and are positioned to play significant roles in cellular differentiation and cancer progression, especially in light of the recently described ceRNA networks. Our work provides a transcriptome resource that enables high-throughput analyses of pseudogene expression.

neeya naana - a must see episode

http://tamil.techsatish.net/file/neeya-naana-138/

Research Profile - Palanisamy

http://scholar.google.com/citations?user=g0jCwnkAAAAJ&hl=en


- select the link and right click to open the page

View of the Moon from my Backyard - May 27 2012 10PM  

Camera: Cannon Rebel T3i Lens: 235mm F/8

Publication in Nature

http://www.nature.com/nature/journal/vaop/ncurrent/full/nature11125.html

The mutational landscape of lethal castration-resistant prostate cancer

Catherine S. Grasso, Yi-Mi Wu, Dan R. Robinson, Xuhong Cao, Saravana M. Dhanasekaran, Amjad P. Khan, Michael J. Quist, Xiaojun Jing, Robert J. Lonigro, J. Chad Brenner, Irfan A. Asangani, Bushra Ateeq, Sang Y. Chun, Javed Siddiqui, Lee Sam, Matt Anstett, Rohit Mehra, John R. Prensner, Nallasivam Palanisamy, Gregory A. Ryslik, Fabio Vandin, Benjamin J. Raphael, Lakshmi P. Kunju, Daniel R. Rhodes, Kenneth J. Pienta, Arul M. Chinnaiyan & Scott A. Tomlins

Abstract:  Characterization of the prostate cancer transcriptome and genome has identified chromosomal rearrangements and copy number gains and losses, including ETS gene family fusions, PTEN loss and androgen receptor (AR) amplification, which drive prostate cancer development and progression to lethal, metastatic castration-resistant prostate cancer (CRPC)1. However, less is known about the role of mutations2, 3, 4. Here we sequenced the exomes of 50 lethal, heavily pre-treated metastatic CRPCs obtained at rapid autopsy (including three different foci from the same patient) and 11 treatment-naive, high-grade localized prostate cancers. We identified low overall mutation rates even in heavily treated CRPCs (2.00 per megabase) and confirmed the monoclonal origin of lethal CRPC. Integrating exome copy number analysis identified disruptions of CHD1 that define a subtype of ETS gene family fusion-negative prostate cancer. Similarly, we demonstrate that ETS2, which is deleted in approximately one-third of CRPCs (commonly through TMPRSS2:ERG fusions), is also deregulated through mutation. Furthermore, we identified recurrent mutations in multiple chromatin- and histone-modifying genes, including MLL2 (mutated in 8.6% of prostate cancers), and demonstrate interaction of the MLL complex with the AR, which is required for AR-mediated signalling. We also identified novel recurrent mutations in the AR collaborating factor FOXA1, which is mutated in 5 of 147 (3.4%) prostate cancers (both untreated localized prostate cancer and CRPC), and showed that mutated FOXA1 represses androgen signalling and increases tumour growth. Proteins that physically interact with the AR, such as the ERG gene fusion product, FOXA1, MLL2, UTX (also known as KDM6A) and ASXL1 were found to be mutated in CRPC. In summary, we describe the mutational landscape of a heavily treated metastatic cancer, identify novel mechanisms of AR signalling deregulated in prostate cancer, and prioritize candidates for future study.

Promotion of Dr. Nalla Palanisamy

http://mctp.path.med.umich.edu/mctp/main/newsDetail.jsp?id=115

Promotion of Dr. Nalla Palanisamy

MCTP faculty member Dr. Nalla Palanisamy was promoted to Research Associate Professor in the Department of Pathology, effective Spetember 1, 2012.

Dr. Palanisamy has been a member of MCTP since 2007. He came to MCTP with an extensive experience in characterizing gene fusions in cancer and focused on projects that would have significant translational impact. He studies the genetic complexity of a subset of prostate cancers patients lacking the well-known ETS gene fusions while developing novel approaches to study chromosomal abberations. Early on he realized the potential of the emerging next generation sequencing (NGS) technology to characterize the cancer genome and exploited NGS methologies to discover novel gene fusions. He has made significant progress in the application of NGS during the last four years, evident in seminal publications in top-tier peer-reviewed journals such as Nature, Nature Medicine, Nature Biotechnology, PNAS and Science. Please extend a congratulations to Dr. Palanisamy on his achievement.

http://www.tamilonline.com/thendral/ - மே 2012

அடுத்தவன் உழைப்பை அனுபவித்து விட்டு அற்பத்தனமாகக நடந்து கொள்ளும் மக்கள் மத்தியில் சுரேஷ் போன்ற நல்ல மனிதர்கள் இருப்பதால்தான் உலகத்தில் தர்மம் இன்றும் வாழ்கிறது.


ஒரு நல்ல குடும்பத்தலைவனால் மற்ற எல்லோருக்கும் பெருமை

வழி தவறிப் போன பெற்றோர்களால் தம் குழந்தைகளுக்கு நல்ல வழி காட்டியாய் இருக்க முடியாது

வியர்வை சிந்தி சுயமாக உழைத்து சம்பாதிப்பவனுக்கு 

அடுத்தவன் உழைப்பை அனுபவிக்க மனம் வராது

குற்ற உணர்வே இல்லாமல் அடுத்தவன் உழைப்பை அனுபவிப்பவன்
நல்ல சிந்தனை உடைய மனிதனாக இருக்க முடியாது 

http://www.quisenblog.com/2011/04/13/the-first-janitor-in-space-2/

உழைப்பாளர்கள், சிலையில் கூட உழைத்துக் கொண்டுதானிருக்கிறார்கள்

உழைப்பின் பலன் உழைப்பவனுக்கே கிடைத்துவிட்டால்

உலகில் ஏது துன்பம்

தீயாரைக் காண்பதுவும் தீதே; திரு அற்ற தீயார் சொல் கேட்பதுவும் தீதே - தீயார் குணங்கள் உரைப்பதுவும் தீதே; அவரோடு இணங்கி இருப்பதுவும் தீது

http://tamil.oneindia.in/news/2012/03/27/india-ask-parents-not-resort-corruption-aid0128.html

ஊழலில் ஈடுபடாதீங்கம்மா, அப்பா என்று வலியுறுத்துங்கள்: மாணவர்களுக்கு கலாம் வேண்டுகோள்

செவ்வாய்க்கிழமை, மார்ச் 27, 2012, 8:59 [IST]

இந்தூர்: ஊழலில் ஈடுபட வேண்டாம் என்று மாணவர்கள் தங்கள் பெற்றோர்களை வலியுறுத்த வேண்டும் என்று முன்னாள் குடியரசுத் தலைவர் அப்துல் கலாம் தெரிவித்துள்ளார்.

மத்திய பிரதேச மாநிலம் இந்தூரில் உள்ளது ஹோல்கார் அறிவியல் கல்லூரி. அங்கு அறிவியலால் உங்களுக்கு எதை கொடுக்க முடியும் என்ற தலைப்பில் முன்னாள் குடியரசுத் தலைவர் ஏ.பி.ஜே. அப்துல் கலாம் மாணவர்களுக்கு உரையாற்றினார்.

அப்போது அவர் கூறுகையில்,

ஊழலில் ஈடுபட வேண்டாம் என்று மாணவர்கள் தங்கள் பெற்றோர்களை வலியுறுத்த வேண்டும். வலுவான லோக்பால் மசோதா என்றாவது ஒரு நாள் நிறைவேறும். அன்று குற்றவாளிகள் அனைவரும் சிறைக்கு அனுப்பப்படுவர். ஒரு நாள் சிறைகள் நிரம்பும். அப்போது நமக்கு வீடுகள் தேவைப்படும். அதனால் இந்த வேலையை நாம் ஏன் வீட்டில் இருந்தே தொடங்கக் கூடாது. உங்கள் பெற்றோர் யாராவது ஊழல் செய்தால் உடனே அதை நிறுத்துமாறு வலியுறுத்துங்கள். அது தான் இதற்கு தீர்வு என்றார்.

அறிவியல் கல்வியை உள்ளூர் மொழிகளில் பயிற்றுவிக்க முயற்சி செய்ய வேண்டும் என்று அவர் ஆசிரியர்களையும், ஆராய்ச்சியாளர்களையும் கேட்டுக் கொண்டார்.

தவறு செய்யும் பொது இருக்கும் தைரியம்
அதை ஏற்றுகொள்ள இருப்பதில்லை

நல்ல மனிதன்   தவறு செய்வதில்லை
செய்தால் ஏற்றுகொள்ள மறுப்பதில்லை 

சோம்பேறிகளின் உடம்பில் கூட இருதயம் நிற்காமல் உழைத்துக் கொண்டிருக்கும்

நல்லவனா கெட்டவனா ?

ஒரு நல்லவன் உன்னைக் கெட்டவன் என்று சொன்னால்
அதில் உண்மை இருக்கும்


 

நான் யார்?

நான் யார்?

எல்லோரும் தன்னைத்தானே கேட்டுக்கொள்ள வேண்டிய கேள்வி 

நான் என்னை
உறவு முறைகளால் அடையாளம் காண்பதைவிட
என்னை என் செயல்களால்
அடையாளம் காணவே, காட்டவே  விரும்புகிறேன்
ஆகவே நான் யார்?

நிச்சயம் என்னைப் போல் ஒருவன்
இதுவரை இந்த மண்ணில் இருந்தது இல்லை 
இனிமேலும் பிறக்கப் போவதில்லை
இப்போது நான்  இருக்கிறேன்
நாளை நான் இருப்பேன் அல்லது இருந்தேன்
ஆகவே நான் யார்?

எல்லோருக்கும் நல்லவனாகவே
இருக்க ஆசைப்படுகிறேன்
அப்படி இருந்தால் அதில் போலித்தனம்
இருப்பதை உணர்கிறேன்

நான் வாழும் அல்லது வாழ்ந்த வாழ்க்கையே
என் அடையாளம்

ஊழல்

 சுய மரியாதையுடன் உழைத்து சம்பாதிப்பதே நேர்மையான செயல்.

அடுத்தவன் உழைப்பை அனுபவிக்க நினைப்பதே கேவலம்

அடுத்தவன் உழைப்பை அனுபவித்துவிட்டு
அதற்க்கு அற்பத்தனமான பல காரணங்களை
அடுக்குவது அதனினும் கேவலம்

பெற்ற உதவிக்கு நன்றி பாராட்டாமல் இருப்பது
அதனினும் கேவலம்

அதைவிட மிகவும் கேவலம்
சுயமாக உழைத்து முன்னேற
ஒரு காரணம், ஒரு வழி கூட தெரியாததுதான்

மிருகங்களிடம் கூட இல்லாத அற்பத்தனமான குணம்
அடுத்தவன்  உழைப்பை  அனுபவிப்பதுதான்


மனிதா சுய மரியாதையுடன் வாழக் கற்றுக்கொள்

இந்த உலகத்தில் கடவுள் படைக்காத ஒரு பொருள்
கடவுள் மட்டுமே
 பிரபஞ்சத்தையே படைத்தவனுக்கு
கடவுளைப் படைக்கத் தெரியாதா?
 மனிதனுக்கு பல திறமைகள் உண்டு
இயற்கையில் உள்ளதைக்கொண்டு பல
செயற்கை சாதனங்களை உருவாக்குவான்
அவற்றில் ஒன்றுக்கு கடவுள் என்று பெயர்
 கடவுள் நிச்சயம் வரமாட்டார் என்ற தைரியத்தில்தான்
கடவுள் பெயரால் பல அயோக்கியத்தனங்கள் நடைபெறுகின்றன
 கடவுள் பெயரால் அயோக்கியத்தனம் செய்பவனை
அந்த கடவுளே காப்பற்றுவதில்லை
 கடவுள் இல்லை என்று சொல்பவனை
கடவுள் ஒன்றும் செய்வதில்லை
 மனிதன் பிழைப்புக்கு பல வழிகள் உண்டு
கடவுள் பெயராலும் பிழைப்பு நடக்கிறது
 எந்த உழைப்பிலும் நேர்மை இருக்கும் வரை
கடவுள் தேவையில்லை
ஆக
 நல்வழியில் செல்பவனுக்கு கடவுள் தேவையில்லை

எல்லோருக்கும் தேவையானது இந்த உலகத்தில் உள்ளது

அதை உழைத்து எடுத்துக் கொள்வதே நன்று



   

பொய் பேசினால் என்றாவது ஒரு நாள் கட்டாயம் உண்மை பேசியே தீரவேண்டும்

வறுமையை வெற்றி கொள்ள முடியாதவனால் வாழ்வில் வெற்றிபெற முடியாது

 

இரண்டு பேருக்கு நன்றி சொல்ல கடைமைப்பட்டிருக்கிறேன்

என்னை என் விருப்பப்படி வாழவிடாமல் கெடுத்தவர்க்கெல்லாம் நன்றி

என்னை என் விருப்பப்படி வாழ விட்டவர்க்கெல்லாம் நன்றி

இவர்கள் இல்லையேல் நான் இல்லை
 
 

வாழும் நாட்கள் குறைவு

கடந்து செல்ல வேண்டிய தூரம் அதிகம்
இலக்கை அடைய வேண்டுமானால்
நான் நானாக இருந்தால் மட்டுமே முடியும்
முதலில் என்னை நான் மதிக்க வேண்டும்
என்னை நான் மதிப்பதால்
மற்றவர்களை ஒதுக்குகிறேன்
அதனால் மற்றவர்களை வெறுப்பதாக அர்த்தமில்லை
தன்னை மதிக்கத் தெரிந்தவன்
மற்றவர்களை வெறுக்க மாட்டான்
தனக்கு உண்மையாக இருப்பவன்
மற்றவர்களை ஏமாற்றமாட்டான்

நிழல் நிஜமாகிறது

கை நீட்டி காட்டியதை எல்லாம் வாங்கி கொடுத்தார்
எதையும் யோசிக்காமல் சந்தோசமாக இருந்தது

கைவிலங்கோடு போனபோது தெரிந்தது
எத்தனை பேரிடம் கை நீட்டினார் என்பது
அவமானமாக இருக்கிறது

இயற்கை

மறைவதர்க்காகவே உதிக்கும் சூரியன்
பட்டுப் போவதற்காகவே வளரும் மரம்
மரணத்திர்க்காகவே வரும் ஜனனம்
இது எல்லாம் தெரிந்தும்
இடைப்பட்ட நேரத்தில் எத்தனை அலங்கோலம்
இவை எதற்கு?
உண்மை என்ன வென்றால்
சூரியன் உதிப்பதுமில்லை மறைவதுமில்லை
விதைப்பதும் இல்லை அறுப்பதும் இல்லை
ஜனனம் மரணம் நம் கையில் இல்லை
எல்லாம் இயற்கையாய் நடக்கும் போது
இடையில் எதற்கு இத்தனை செயற்கை  ஆட்டம்
மனிதா நீ திருந்துவது எப்போது !
விழி இருந்தும் குருடனாய் வாழாதே!
பொய்யான கௌரவத்திற்கும் போலித்தனமான வாழ்க்கைக்கும்
ஆசைப்படாமல்
சொற்ப வருமானமாய் இருந்தாலும் சுயமரியாதையுடன் வாழ்
நல்ல மனிதன் என்ற பெயராவது மிஞ்சும்
வாழத் தெரியாதவன் தான் வன்முறையில் ஈடுபடுவான்
தன்னம்பிக்கை இல்லாதவன் தான் தறி கேட்டு போவான்
உழைக்கத் தெரியாதவன் தான் ஊதாரியாவான்
நற்சிந்தனை உள்ளவன் அடுத்தவனை கெடுக்க மாட்டான் 
அற்ப சுகத்திற்கு அடுத்தவனைக் கெடுக்காதே
மனிதா! மனிதா!
போலித்தனமே உன் சுயரூபமா ?
கையாலாகாத்தனமே  உன் கடின உழைப்பா?
கோழைத்தனமே உன் வீரமா ?
நன்றிகெட்டத் தனமே உன் நாகரீகமா ?
அடுத்தவனை ஏமாற்றுவதே உன் புத்திசாலித்தனமா?
இயற்கையைப் பார் !
சூரியன் எங்கும் அசைவதில்லை'
மரம் எங்கும் அலைவதில்லை
பாறை இடுக்கில் கூட மரம் தானாய் வளரும்
இயற்கையாய் வாழக் கற்றுக்கொள்

days of our lives

பெற்றோர்கள் உன்னைப் பெற்றவர்கள்
உன்னிடம் கடன் 'பெற்றவர்கள்' அல்ல
காலம் முழுவதும் சுரண்டி வாழ்வதற்கு!
பெற்றோர்கள் சாதித்ததையும் "தாண்டி" வாழ்வதே பெருமை
அவர்களை "அண்டி" வாழ்வது சிறுமை

அவர்களைஏமாற்றுவது கொடுமையிலும் கொடுமை  

days of our lives

சுய நலம் பிடித்தவர்களுடன் ஒத்து வாழ்வதைவிட ஒதுங்கி வாழ்வதே மேல் 

In Memorium

எனது இரங்கல் செய்தி

  2/11/2012 Washington D.C

அருமை நண்பர்
நாச்சிமுத்து சின்னசாமி

(1960-2012)

                      

இங்கு கூடியிருக்கும் மற்றும் இந்தியாவில் இருந்து இந்த நிகழ்ச்சியில் கலந்து கொண்டிருக்கும் குடும்பத்தினர், உறவினர்கள் மற்றும் நண்பர்கள் அனைவருக்கும்முதற்கண் எனது ஆழ்ந்த வருத்தத்தையும் இரங்கலையும் தெரிவித்துக்கொள்கிறேன். 

மிகவும் குறைந்த நாட்களே வாழ்ந்தாலும் நிறைவான வாழ்க்கை வாழ்ந்தவர் சின்னசாமி அவர்கள்.

என்னை பொறுத்தவரை சின்னசாமி ஒரு சிறந்த நண்பர். அதற்க்கு மேல் அவர் ஒரு சிறந்த மனிதர்

எங்களது நட்புக்கு வயது இருபத்தி எட்டு. அதாவது சின்னசாமி அவர்களின் வாழ்கையில் பாதி நாட்களுக்கு மேல் அவருடன் நெருங்கிய தொடர்பு வைத்திருந்தவர்களில் நானும் ஒருவன் என்பதில் பெருமைப்படுகிறேன். எந்த எதிர்பார்ப்புமில்லாமல் மிகவும் தோழமையுடன் பழகிய நண்பர். 

நான் சின்னசாமி அவர்களை அவரது கல்லூரி நாட்களில் இருந்து அறிவேன். ஒன்றாகவே உண்டு, உறங்கி உற்ற நண்பனாகவும், தோழனாகவும் ஆசானாகவும் வாழ்ந்த அருமை நண்பரை இன்று இழந்து விட்டேன் என்று என்னும்போது இனிமேல் நான் இழப்பதற்கு ஒன்றும் இல்லை என்பதுதான் உண்மை. சம்பாதித்த பொருளை இழந்தால் மீண்டும் சம்பாதிக்கலாம். உயிர் நண்பர் மறைந்தால் மீண்டும் நம் வாழ்நாளில் கிடைப்பது அரிது. உற்ற நண்பரை இழப்பது பெற்ற தாயை இழப்பதற்கு நிகரானது. சின்னசாமி போன்ற நண்பரை இனி எங்கு காண்பேன். 

பல சந்தர்பங்களில் நான் துவண்டு போன நேரத்திலெல்லாம் அவரது எளிமையான அணுகுமுறையும் தீர்கமான முடிவுகளும் என்னை வியக்க வைத்திருக்கிறது. 

நாங்கள் சென்னையில் ஒன்றாக தங்கி படிக்கும் காலத்தில் மற்ற மாணவர்களெல்லாம் பல வழிகளில் பொழுது போக்கி கொண்டிருக்கும் வேளையில் சின்னசாமி மற்றும் அணைத்து நண்பர்களும் முக்கியமாக செய்தது என்ன வென்றால் வாழ்கையில் கடின உழைப்பால் முன்னேறிய பல நல்ல தலைவர்களையும், பேராசியர்களையும் சந்திப்பது தான் எங்களது முக்கிய பொழுது போக்கு. அப்படிப்பட்ட சந்திப்புகளால் நாங்கள் பெற்றது, கற்றது ஏராளம். அதுவே எங்கள் வாழ்வின் ஆதாரம். கடின உழைப்பே எங்கள் தாரக மந்திரம். வெற்றியே எங்கள் இலக்கு. 

வாழ்வில் வெற்றிபெற நாங்கள் இரு வேறு பாதையில் பிரிந்து இருவேறு கண்டங்களில் வாழ்ந்தாலும் எங்கள் நட்பு பிரியவில்லை. ஆனால் இன்று ஒரே இடத்தில இப்படி மீண்டும் சந்திக்க நேர்ந்ததை நினைக்கும் பொது வாழ்வில் எல்லாவற்றியும் இழந்துவிட்ட மன நிலைதான் எனக்கு இப்போது. 

சின்னசாமி அவர்களை நினைக்கும் பொது நம் நினைவுக்கு வருவது என்ன? அவருடன் பழகிய அனைவரும் ஏற்றுக்கொள்ளும் விஷயம் என்னவென்றால், சின்னசாமி அவர்களின் எளிமை, தன்னடக்கம், கனிவான பேச்சு. அவர் கோப பட்டு நான் பார்த்ததில்லை, அதிர்ந்து பேசியதில்லை. மற்றவர்களை பற்றி தவறாக பேசியதில்லை. வாழ்க்கையை அதன் போக்கில் ஏற்றுகொண்ட யதார்த்தமான மனிதர். எளிமையாக ஆரம்பித்த வாழ்க்கையை எளிமையாகவே வாழ்ந்தவர். நண்பர்கள் கூட்டத்தையே சொத்தாக சம்பாதித்தவர். நாம் இறக்கும் பொது எதுவும் கொண்டு போவதில்லை என்று சொல்வது எவ்வளவு தவறானது என்பது இங்கே நிரூபிக்கப்பட்டு இருக்கிறது. இத்தனை நண்பர்களை இன்று அவருக்கு பக்கத்தில் கொண்டுவந்து நான் சம்பாதித்தது இதுதான் என்று அதே அடக்கத்துடன் சொல்லிக்கொண்டு அமைதியாக மீலாத் துயிலில் சின்னசாமி இன்று ஆழ்ந்துவிட்டார். அதற்க்கு இங்கும் இந்தியாவிலும் கூடியிருக்கும் நண்பர்களே சாட்சி.
சின்னசாமி அவர்களின் இழப்பு எதிர்பாராதது. ஈடு செய்ய முடியாதது. அவர் சீக்கிரமே நம்மை விட்டு பிரிந்துவிட்டாலும் அவர் எவ்வளவு சிறப்பான வாழ்கை வாழ்ந்திருக்கிறார் என்பதை நினைக்கும் பொது மிகவும் பெருமையாக இருக்கிறது. அனைவராலும் நேசிக்கப்பட்ட அருமையான மனிதர். அவருடன் சிறந்த நட்புடன் வாழ்ந்தேன் என்று நினைக்கும்போதே பெருமையாக இருக்கிறது. என் வாழ்வில் பல சந்தர்பங்களில் என் சுக துக்கங்களில் பங்கு பெற்றதை மிகவும் நன்றியுடன் நினைத்து பார்கிறேன். என் இதயத்தில் என்றும் அவர் இருப்பார், அவர் வாழ்ந்த சிறப்பான வாழ்கை என்றும் எனக்கும் மற்றும் எல்லோருக்கும் ஒரு பாடமாக அமையும் என்பதில் சந்தேகமில்லை. 

சின்னசாமி அவர்கள் இப்போது சொர்க்கத்தில், நாம் இப்போது அவரது நினைவு அஞ்சலி கூட்ட்டத்தில். இந்த நேரம் அவரது மறைவை நினைத்து வருத்தப்படகூடிய நேரமல்ல, அவர் வாழ்ந்த வாழ்க்கையை நினைத்து பெருமைப்பட வேண்டிய நேரமிது. என்றும் சின்னசாமியை நினைத்து பெருமைப்படுங்கள். மற்றவர்கள் அழுவதை அவர் விரும்பியதில்லை. தன்னை வருத்திக்கொண்டு மற்றவர்களை சந்தோசப்படுத்திய நேர்மையான மனிதர். இன்னும் சிறிது நேரத்தில் அவரது பூத உடல் நம் கண்ணை விட்டு மறைய இருக்கிறது, இந்த நேரத்தில் கண்ணீர் சிந்தாமல் அவர் நம்முடன் வாழ்ந்த வாழ்க்கையை நினைத்து, அவர் நம்முடன் இருப்பதாகவே நினைத்து, அவருடன் வாழ்வதற்கான சந்தர்ப்பம் கிடைத்ததை நன்றியுடனும் பெருமையுடனும் நினைவுகொள்வோம். 

“”வாழ்க்கை என்பது அனைவதர்க்காகவே ஏற்றப்பட்ட விளக்கு. நாளை என்பது நாம் வாழ்வதாக இருக்கலாம் அல்லது வாழ்ந்ததாக இருக்கலாம். நமக்கு எத்தனை வேலைகள் இருந்தாலும் தள்ளிப்போட முடியாதது மரணம். விட்டது விட்டபடி தொட்டது தொட்டபடி ஒரு கடைசி வாய்ப்பு கேட்க முடியாமல் அனைத்தும் ஒரு நொடியில் மாறிவிடும்.””

சின்னசாமியை நாம் நிரந்தரமாக இழந்துவிடவில்லை. சிலகாலம் அவர் நம்முடன் இருக்கபோவதில்லை. ஆனால் ஒரு சரியான நேரத்தில் நானும் நாம் எல்லோரும் அவர் இருக்கும் இடத்தில் சேர்வோம் அங்கும் நமது வாழ்க்கை தொடரும்......

days of our lives

நேர்மையான வழியில் ஆசைகளை வளர்த்துக்கொள் 

அதில் பாவமும்  குறைவு , லாபமும் குறைவு 

நிச்சயம் நிம்மதி நிறைய உண்டு  

மற்றவர்களுக்கு யதார்த்தமாக நன்மை செய்வதனால் எல்லாம் நல்ல படியாக நடக்கும் என்று எதிர்பார்ப்பது தவறு

ஏனென்றால்

யதார்தமானவனை ஏமாளியாகவும், ஏமாற்றுபவனை புத்திசாலியாகவும் பார்க்கும் உலகமிது

Happy New Year

May the New Year bring peace and happiness throughout the world

Wish you all a happy New Year

Nallasivam Palanisamy

Publication in Nature Medicine

Nat Med. 2011 Nov 20;17(12):1646-51. doi: 10.1038/nm.2580.

Functionally recurrent rearrangements of the MAST kinase and Notch gene families in breast cancer.
Robinson DR, Kalyana-Sundaram S, Wu YM, Shankar S, Cao X, Ateeq B, Asangani IA, Iyer M, Maher CA, Grasso CS, Lonigro RJ, Quist M, Siddiqui J, Mehra R, Jing X, Giordano TJ, Sabel MS, Kleer CG, Palanisamy N, Natrajan R, Lambros MB, Reis-Filho JS, Kumar-Sinha C, Chinnaiyan AM.
Abstract
Breast cancer is a heterogeneous disease that has a wide range of molecular aberrations and clinical outcomes. Here we used paired-end transcriptome sequencing to explore the landscape of gene fusions in a panel of breast cancer cell lines and tissues. We observed that individual breast cancers have a variety of expressed gene fusions. We identified two classes of recurrent gene rearrangements involving genes encoding microtubule-associated serine-threonine kinase (MAST) and members of the Notch family. Both MAST and Notch-family gene fusions have substantial phenotypic effects in breast epithelial cells. Breast cancer cell lines harboring Notch gene rearrangements are uniquely sensitive to inhibition of Notch signaling, and overexpression of MAST1 or MAST2 gene fusions has a proliferative effect both in vitro and in vivo. These findings show that recurrent gene rearrangements have key roles in subsets of carcinomas and suggest that transcriptome sequencing could identify individuals with rare, targetable gene fusions.

Invited Speaker

INTERNATIONAL CONFERENCE ON MEDICAL GENETICS & GENOMICS

Department of Biomedical Science, School of Basic Medical Sciences,

Bharathidasan University, Tiruchirappalli - 620024

December 12-14 2011


Nallasivam Palanisamy, Ph.D.

delivered a lecture on

'Divide and Conquer: Next Generation Sequencing Approach for the Molecular Classification of Cancer'

'நியாயம்'

'நியாயம்' என்பது ஒரு சுவாரஸியமான சொல். நியாயம் கேட்டு நம்மிடம் யார் பேச வந்தாலும், அவர் கூறுவதை நாம் ஆமோதிப்பதுதான் நியாயம் என்று கருதப்படுகிறது. சுயநலமில்லாமல் நாம் கூறும் கருத்துக்கள் நம்மை அநியாயர்களாகக் காட்டும். நாம் அந்நியர்களாக மாறிப் போய்விடுவோம். இங்கே எல்லோரும் ஒரே தராசை உபயோகப்படுத்துவது இல்லை. அதேபோல தன்னுடைய செய்கைகள் நியாயம் இல்லை என்று உள்மனதில் பட்டாலும் நியாயப்படுத்தும் வாதங்களைத் தங்களுக்குள்ளே உற்பத்தி செய்து, அந்த உள்மனதைச் சமாதானப்படுத்திக் கொள்கிறோம். அதுவும், நம் செய்கைகள் பிறருக்குத் தெரியாது என்ற நினைப்பில் இருந்து அது வெளிப்படும்போது நமக்கு ஏற்படும் குற்ற உணர்ச்சியால் மற்றவரை அநியாயக்காரர்களாக நாம் காட்ட முயற்சி செய்வோம். இதெல்லாம் வாழ்க்கையில் எல்லோருக்கும் ஏற்படும் சம்பவங்கள். சகஜம்.
டாக்டர் சித்ரா வைத்தீஸ்வரன்

இன்றைய சமுதாயம்

இன்றைய சமுதாயம்

வெற்றிக்காக கௌரவம் பார்க்காமல் உழைத்தாலும்

வெட்டி வேலை வீண் வேலை என்று பேசும்

உதவி கேட்டால் உதாசீனம் செய்யும்

தன்னம்பிக்கையுடன் வாழ்ந்து பார்

தலைக்கணம் பிடித்தவன் என்று பேசும்

சுய மரியாதையுடன் வாழ்ந்து பார்

பிழைக்கத் தெரியாதவன் என்று பேசும்

எதையும் கண்டுகொள்ளாமல் உன்வழியில் போய்ப்பார்

உன்னைவிட உயர்ந்தவன் இல்லை என்று பேசும்

வீண் பேச்சில் மயங்காமல் விழிப்பாக இரு

செய்யும் தவறை சுட்டிக்காட்டிப் பார்

ஆணவக்காரன் என்று அறிவில்லாமல் பேசும்

எத்தனை அவமானம் வந்தாலும் உன்வழியில் செல்

உன் இலக்கு என்ன? உன் நோக்கம் என்ன?

நேர் வழியில் முயற்சி செய்

விடா முயற்சி நிச்சயம் வெற்றி தரும்

Steve Jobs 1955-2011

                                               "  தோன்றின் புகழோடு தோன்றுக "

                                                   ஆதாம் ஏவாளுக்கு ஒரு ஆப்பிள்

                                                  ஈசாக் நியூட்டனுக்கு ஒரு ஆப்பிள்

                                                       ஜாப் உனக்கும் ஒரு ஆப்பிள்

Steve Jobs 1955-2011

Please click the title to Listen to Steve Jobs

கல்வெட்டுகளால் அறிந்தோம்
மன்னர் கால வரலாறு
குகை கோவில்களால் அறிந்தோம்
ஆதி மனிதன் வரலாறு
கற்கோவில்களால் அறிந்தோம்
சேர சோழ பாண்டியன் வரலாறு
மணி மண்டபங்களால் அறிந்தோம்
மன்னர் கால தொலைதூது வரலாறு
ஏட்டு சுவடிகளால் அறிந்தோம்
பண்டைய இலக்கிய வரலாறு
ஓட்டைக் காசுகளால் அறிந்தோம்
பண்டைக்கால பண்டமாற்று
முதுமக்கள் தாழிகளால் அறிந்தோம்
மூத்தோர் தம் அந்திமக்கால வரலாறு
எலும்புக் கூடுகளின் மிச்சத்தால் அறிந்தோம்
ஆதி மனிதன், தாவர பிராணிகள் வரலாறு
கணினி கண்டோம்
கல்வெட்டுக்களை மறந்தோம்
கான்கிரிட் கண்டோம்
கற்கோவில்களை மறந்தோம்
காகிதம் கண்டோம்
குறுந்தகடு கண்டோம்
ஏட்டுச்சுவடிகளை மறந்தோம்
கைத்தொலைபேசி கண்டோம்
கடிதங்களை மறந்தோம்
புறாக்கள் தூது போனது அந்தகால கட்டம்
புறாக்களை பாதுகாக்க போட்டோம் இந்தகால சட்டம்
பழங்கால புதையல் சொல்கிறது அக்கால மனிதன் நிராசை
பார் நோகும் ஊழல் சொல்கிறது இக்கால மனிதன் பேராசை
மாதம் மும்மாரி பொழிந்தது அந்தக்காலம்
மாறிமாறிப் பேய்கிறது இந்தக்காலம்
மணி அடித்தல் கிடைத்தது நீதி அந்தக்காலம்
"மணி" அடிப்பதால் வீழ்ந்தது நீதி இந்தக்காலம்
கூட்டுக்குடும்பமாய் வாழ்ந்தது அந்தகாலம்
கூடுகூடாய் வாழ்வது இந்தகாலம்
ஒற்றுமையாய் வாழ்ந்தது அந்தகாலம்
ஒற்றுமையாய் திருடுவது இந்தகாலம்
கடன் வாங்கினால் போகும் பெருமை அந்தகாலம்
கைநிறைய கடன் அட்டை இருந்தால் பெருமை இந்தகாலம்
போக்குவரத்து வசதி இல்லாததால் சிறந்தது உறவு அந்தகாலம்
போக்குவரத்து மிகுதியால் வீழ்ந்தது உறவு இந்தகாலம்
வேலை முடிந்தால் வீடு வந்தது அந்தகாலம்
வேலை முடிந்ததும் வீண் வேலை ஆரம்பம் இந்தகாலம்
அடுத்தவனை கெடுத்தால் கேவலம் அந்தகாலம்
அடுத்தவனை கெடுத்து வாழ்வது இந்தகாலம்
இத்தனையும் மாறுவது எக்காலம்
அத்தனையும் மாறினால் உள்ளது எதிர்காலம்

ஆத்திகம் நாத்திகம் இரண்டுமே போலியானது
கடவுள் என்ற பெயரில் நடக்கும் ஒரு பிழைப்பு
என் நோக்கில்
ஒருவருடைய எண்ணமே கடவுள்
 நினைத்ததை நோக்கி நேர்வழியில் செல்வதே ஆன்மிகம்
ஆசைப்படுவதை  நேர்வழியில் அடைவதே ஆன்மிகம்
அதைக்கொடு இதைக்கொடு என்று கேட்பதா பிரார்த்தனை ?

இருப்பது போதாமல் இன்னமும் வேண்டும் என்று கேட்பதா பிரார்த்தனை?

இருப்பது இரண்டு கைகள், இரண்டு கால்கள், ஆரோக்கிய தேகம்

இதுபோதாதா உன் தேவைகள நிறைவேற்ற ?

என்ன தேவை என்று தெரியாமல் தினந்தோறும் பிரார்த்தனை
ஒன்று கிடைத்தால் அதற்கு மேலும் வேண்டும் என்ற ஆசை
உண்மையான உழைப்பே சிறந்த பிரார்த்தனை

மற்றபடி

பிரார்த்தனையும் ஒரு வகையில்  பிச்சை கேட்கும் செயல்தான்

உலகில் நடக்கும் பல துன்பங்கள் கெட்டவர்களால் மட்டும் வருவதில்லை, நல்லவர்கள் பலரும் அதை பார்த்து எதுவும்  செய்ய முடியாமல் போவதால்தான் .  

மரண தண்டனை

இயற்கையின் வினோதம் ஜனனம்

நிபந்தனை இல்லாமல் பிறக்கும் உயிர்

தண்டனையோடு இறப்பதைத்  தவிர்க்கவேண்டும்

குற்றத்திற்குத்  தண்டனை மரணமா?
எந்த குற்றத்திற்கு என்ன தண்டனை?
ஏதேனும் வரைமுறை உண்டா?
என் நோக்கில்

மரண தண்டனை விதிப்பதே குற்றம்
உயிரைப் பறிப்பது குற்றமானால்
எந்த உயிர் மேலானது ?
குற்றப்  பின்னணி என்ன?

உணர்ச்சியின் விளிம்பில் செய்வது குற்றமா?

திட்டமிட்டுச் செய்வது குற்றமா?

குற்றம் செய்யத் திட்டமிடுபவன் நிச்சயம் மனிதன் அல்ல

ஆசை, பேராசை, பொறமை, சோம்பேறித்தனம்

அடுத்தவன் வாழ்வில் அத்துமீறல்

இவையெல்லாம் குற்றம்தான்

குற்றம் செய்பவனைத் திருத்தத் திட்டமிடு

குற்றத்தை குறைக்க சமூக மாற்றம் அவசியம்

குற்றத்திற்கு தண்டனை மரணம் என்றால்

இவ்வுலகில் யாரும் வாழத்  தகுதியற்றவரே

குற்றமற்றவர் யாரோ, அவரே

தண்டனை கொடுக்க தகுதியானவர்

அப்படி ஒருவர் உளறா? 

இனிமேலாவது பிறக்கட்டும் 

ஊழல்

அண்ணல் காந்தியால் ஒழிக்க முடியாதது

அண்ணா ஹாசரேவால் ஒழிக்க  முடியாது

ஊழழை ஒழிக்க நான் கண்ட வழி

ஒவ்வொரு பெற்றோரும் பொய் கணக்கை வேண்டுமானால் அரசாங்கத்திடம் காட்டலாம்

உண்மையான வருமானத்தை தங்கள் பிள்ளைகளிடம் காட்டவேண்டும்
பெற்ற பிள்ளைகளிடம் பொய் பேசுபவர்கள்  நல்ல மனிதர்களாக இருக்க முடியாது.

திருடனாய் பார்த்து திருந்தாவிட்டால் திருட்டை ஒழிக்க முடியாது
ஊழல் செய்பவன் திருந்தாவிட்டால் ஊழல் ஒழியாது.

கற்றுக்கொள்ள வேண்டியவன் எல்லாம் கற்பிப்பதும்

தகுதி இல்லாதவன் எல்லாம் பதவியில் இருப்பதும்

பொறுப்பு இல்லாதவன் எல்லாம் பொறுப்பில் இருப்பதும்

சுய சிந்தனை இல்லாதவன் எல்லாம் பகுத்தறிவு பேசுவதும்

அயோக்கியத்தனம் செய்பவனெல்லாம் ஆன்மிகம் பேசுவதும்

சமீப கால சமுதாய வீழ்ச்சி, இதில் ஏதும் இல்லை சூழ்ச்சி

இப்போது வேண்டுவது சமுதாய மறுமலர்ச்சி

தனி மனித சிந்தனை மாறினால் ஒழிய ஊழல் ஒழியாது.

தனி மனித சிந்தனை வளர ஒழுக்கமான உயர் கல்வி  அவசியம்
கல்வி வியாபாரமானதால் வந்த வினை இது
கல்வியில் போதிப்போம் நீதி போதனை

காலத்திற்கும் மாற்றுவோம் மீதி வேதனை
வாழ்க பாரதம்!!

ஆயிரமா? ஒன்றா ?

ஆயிரம் விண்மீன்கள் இருந்தாலும்
ஒரு நிலவு தனித்து நிற்கும்
ஆயிரம் பொய் சொன்னாலும்
ஒரு உண்மை தனித்து நிற்கும்
ஆயிரம் மூடர்கள் இருந்தாலும்
ஒரு புத்திசாலி தனித்து நிற்பான்
ஆயிரம் தோல்விகள் வந்தாலும்
ஒரு வெற்றி நிலைத்து நிற்கும்
ஆயிரம் ஏரிகள் இருந்தாலும்
ஒரு கடலுக்கு இணையாகாது
ஆயிரம் கோள்கள் இருந்தாலும்
அண்ட சராசரம் ஒன்றுதான்
ஆயிரம் மின்னல்கள் வந்தாலும்
ஒரு சூரியனுக்கு இணையாகாது
ஆயிரம் செல்கள் உடலாக இருந்தாலும்
ஒரு செல்லில்தான் ஆரம்பம்
ஆயிரம் நற்சொல்களால் வரும் பெருமை
ஒரு தீய சொல்லால் வரும் சிறுமை
ஆயிரம் ஜாதிகள் இருந்தாலும்
ஒரு இனம் அது மனித இனம்
ஆயிரம் பேர் ஊழல் செய்தலும்
ஒரு நல்ல தலைமையால் அதை மாற்ற முடியும்

Member, Research Policies Committee

Nallasivam Palanisamy -Member of the University of Michigan Research Policies Committee for a period of three years from September 2011.

Member, Student Relations Advisory Committee

Nallasivam Palanisamy -Member of the University of Michigan Student Relations Advisory Committee for a period of three years from September 2011.

வேண்டுதல்

இல்லாத கடவுளிடம்

இரண்டு கைகளையும் கூப்பி 

இரவு பகலாக அப்படி என்ன வேண்டுதல்?

இரண்டு கைகளும்
இரண்டு கால்களும்
இருப்பது தெரியவில்லையா?

இல்லாதவனுக்குத் தெரிகிறது 

இருப்பவனுக்குப் புரியவில்லையே

மேதாவி

படிக்காத காமராசர் கட்டிய பள்ளியில் 

படித்துப் பட்டம் பெற்றவன்  சொன்னான் 

படிப்பறிவில்லாதவர் காமராசர் என்று!!

இப்படிப்  பல மேதாவிகள் இந்த மண்ணில் !!!

click on the title

Publication in Cancer Cell

Cancer Cell, Volume 20, Issue 2, 187-199, 16 August 2011
Qi Cao, Ram-Shankar Mani, Bushra Ateeq, Saravana M. Dhanasekaran, Irfan A. Asangani, John . Prensner, Jung H. Kim, J. Chad Brenner, Xiaojun Jing, Xuhong Cao, Rui Wang, Yong Li, Arun Dahiya, Lei Wang, Mithil Pandhi, Robert J. Lonigro, Yi-Mi Wu, Scott A. Tomlins, Nallasivam Palanisamy, Zhaohui Qin, Jindan Yu, Christopher A. Maher, Sooryanarayana Varambally, Arul M. Chinnaiyan

• Highlights
We identified miRNAs that are negatively regulated by PRC2 protein EZH2 ► EZH2-regulated miRNAs, in turn, regulate PRC1 proteins BMI1 and RING2 ► miRNAs and PRC protein levels are inversely correlated in prostate cancer ► PRC1 and PRC2 activities are coordinately regulated via miRNAs

Summary

Polycomb Repressive Complexes (PRC1 and PRC2)-mediated epigenetic regulation is critical for maintaining cellular homeostasis. Members of Polycomb Group (PcG) proteins including EZH2, a PRC2 component, are upregulated in various cancer types, implicating their role in tumorigenesis. Here, we have identified several microRNAs (miRNAs) that are repressed by EZH2. These miRNAs, in turn, regulate the expression of PRC1 proteins BMI1 and RING2. We found that ectopic overexpression of EZH2-regulated miRNAs attenuated cancer cell growth and invasiveness, and abrogated cancer stem cell properties. Importantly, expression analysis revealed an inverse correlation between miRNA and PRC protein levels in cell culture and prostate cancer tissues. Taken together, our data have uncovered a coordinate regulation of PRC1 and PRC2 activities that is mediated by miRNAs.

Publication in Carcinogenesis

Derfoul A, Juan A, Difilippantonio MJ, Palanisamy N, Ried T, Sartorelli V. Decreased MicroRNA-214 Levels In Breast Cancer Cells Coincides with Increased Cell Proliferation, Invasion, and Accumulation of the Polycomb Ezh2 Methyltransferase. Carcinogenesis. Aug 8, 2011

Abstract

MicroRNAs (miRNAs) are small non-coding RNAs, which regulate gene expression by inhibiting translation or promoting degradation of specific target mRNAs. Alteration of the levels of a number of miRNAs is common in solid and hematological tumors. We have shown previously that miR-214 regulates Ezh2 in skeletal muscle and embryonic stem cells. The current study was aimed at examining the role of miR-214 in breast cancer where miR-214 levels are reduced but whether this phenomenon bears a functional relevance is unknown. MiR-214 expression was inversely correlated with Ezh2 mRNA and protein levels in breast cancer cell lines and at least one copy of the miR-214 alleles was found to be deleted in 24% (6/25) of primary breast tumors. Experimental increase of miR-214 in breast cancer cell lines correlated with reduction of Ezh2 protein levels, a known marker of invasion and aggressive breast cancer behavior. Supporting a direct targeting mechanism, miR-214 decreased luciferase activity from a construct containing the Ezh2 3’ UTR. Expression of miR-214 specifically reduced cell proliferation of breast cancer cells and inhibited the invasive potential of a highly metastatic breast cancer cell line. These findings indicate that reduced miR-214 levels may contribute to breast tumorigenesis by allowing abnormally elevated Ezh2 accumulation, and subsequent unchecked cell proliferation and invasion. PMID:21828058

United States Patent - Granted

United States Patent	7,964,345
Palanisamy, Nallasivam et al.	June 21, 2011

---

Methods of analyzing chromosomal translocations using fluorescence in situ hybridization (FISH)

Abstract

Probes and methods of using the probes to detect chromosomal rearrangements and/or deletions are provided. The methods utilize probes that are free of repeat sequences to provide greater selectivity and sensitivity; methods for producing such probes are also disclosed. The probe sets utilized in the detection methods are designed to hybridize to chromosomes at regions outside known breakpoints, instead of spanning the breakpoint as with conventional FISH methods, and, in some instances, are further designed to bind to regions located outside the genes involved in the rearrangement. Methods utilizing probe sets with two and four colors are also described, as are automated methods for analyzing rearrangements.

Publication in Science Translational Medicine

Urine TMPRSS2:ERG Fusion Transcript Stratifies Prostate Cancer Risk in Men with Elevated Serum PSA. Abstract

Tomlins SA, Aubin SM, Siddiqui J, Lonigro RJ, Sefton-Miller L, Miick S, Williamsen S, Hodge P, Meinke J, Blase A, Penabella Y, Day JR, Varambally R, Han B, Wood D, Wang L, Sanda MG, Rubin MA, Rhodes DR, Hollenbeck B, Sakamoto K, Silberstein JL, Fradet Y, Amberson JB, Meyers S, Palanisamy N, Rittenhouse H, Wei JT, Groskopf J, Chinnaiyan AM.

Abstract:
More than 1,000,000 men undergo prostate biopsy each year in the United States, most for "elevated" serum prostate-specific antigen (PSA). Given the lack of specificity and unclear mortality benefit of PSA testing, methods to individualize management of elevated PSA are needed. Greater than 50% of PSA-screened prostate cancers harbor fusions between the transmembrane protease, serine 2 (TMPRSS2) and v-ets erythroblastosis virus E26 oncogene homolog (avian) (ERG) genes. Here, we report a clinical-grade, transcription-mediated amplification assay to risk stratify and detect prostate cancer noninvasively in urine. The TMPRSS2:ERG fusion transcript was quantitatively measured in prospectively collected whole urine from 1312 men at multiple centers. Urine TMPRSS2:ERG was associated with indicators of clinically significant cancer at biopsy and prostatectomy, including tumor size, high Gleason score at prostatectomy, and upgrading of Gleason grade at prostatectomy. TMPRSS2:ERG, in combination with urine prostate cancer antigen 3 (PCA3), improved the performance of the multivariate Prostate Cancer Prevention Trial risk calculator in predicting cancer on biopsy. In the biopsy cohorts, men in the highest and lowest of three TMPRSS2:ERG+PCA3 score groups had markedly different rates of cancer, clinically significant cancer by Epstein criteria, and high-grade cancer on biopsy. Our results demonstrate that urine TMPRSS2:ERG, in combination with urine PCA3, enhances the utility of serum PSA for predicting prostate cancer risk and clinically relevant cancer on biopsy.

PMID: 21813756

http://www.sciencedaily.com/releases/2011/08/110803143132.htm

Publication in Nature Biotechnology

Nat Biotechnol. 2011 Jul 31. doi: 10.1038/nbt.1914. [Epub ahead of print]

Transcriptome sequencing across a prostate cancer cohort identifies PCAT-1, an unannotated lincRNA implicated in disease progression.

Prensner JR, Iyer MK, Balbin OA, Dhanasekaran SM, Cao Q, Brenner JC, Laxman B, Asangani IA, Grasso CS, Kominsky HD, Cao X, Jing X, Wang X, Siddiqui J, Wei JT, Robinson D, Iyer HK, Palanisamy N, Maher CA, Chinnaiyan AM.

Abstract

Noncoding RNAs (ncRNAs) are emerging as key molecules in human cancer, with the potential to serve as novel markers of disease and to reveal uncharacterized aspects of tumor biology. Here we discover 121 unannotated prostate cancer-associated ncRNA transcripts (PCATs) by ab initio assembly of high-throughput sequencing of polyA(+) RNA (RNA-Seq) from a cohort of 102 prostate tissues and cells lines. We characterized one ncRNA, PCAT-1, as a prostate-specific regulator of cell proliferation and show that it is a target of the Polycomb Repressive Complex 2 (PRC2). We further found that patterns of PCAT-1 and PRC2 expression stratified patient tissues into molecular subtypes distinguished by expression signatures of PCAT-1-repressed target genes. Taken together, our findings suggest that PCAT-1 is a transcriptional repressor implicated in a subset of prostate cancer patients. These findings establish the utility of RNA-Seq to identify disease-associated ncRNAs that may improve the stratification of cancer subtypes. PMID:21804560

Recent Advances in Melanoma Research

Melanoma Research Alliance -2011 Scientific Retreat report. 

Click on the title

eSeminar

eSeminar - Oligonucleotide Microarray Analysis of Genomic Imbalances to Detect Gene Fusions in Cancer

Nallasivam Palanisamy

Michigan Center for Translational Pathology

University of Michigan

July 14, 2011 

Click on the title

Publication in Genome Research

Genome Res. 2011 Jul;21(7):1028-41.

Deep sequencing reveals distinct patterns of DNA methylation in prostate cancer.

Kim JH, Dhanasekaran SM, Prensner JR, Cao X, Robinson D, Kalyana-Sundaram S, Huang C, Shankar S, Jing X, Iyer M, Hu M, Sam L, Grasso C, Maher CA, Palanisamy N, Mehra R, Kominsky HD, Siddiqui J, Yu J, Qin ZS, Chinnaiyan AM.

Abstract

Beginning with precursor lesions, aberrant DNA methylation marks the entire spectrum of prostate cancer progression. We mapped the global DNA methylation patterns in select prostate tissues and cell lines using MethylPlex-next-generation sequencing (M-NGS). Hidden Markov model-based next-generation sequence analysis identified ∼68,000 methylated regions per sample. While global CpG island (CGI) methylation was not differential between benign adjacent and cancer samples, overall promoter CGI methylation significantly increased from ∼12.6% in benign samples to 19.3% and 21.8% in localized and metastatic cancer tissues, respectively (P-value < 2 × 10(-16)). We found distinct patterns of promoter methylation around transcription start sites, where methylation occurred not only on the CGIs, but also on flanking regions and CGI sparse promoters. Among the 6691 methylated promoters in prostate tissues, 2481 differentially methylated regions (DMRs) are cancer-specific, including numerous novel DMRs. A novel cancer-specific DMR in the WFDC2 promoter showed frequent methylation in cancer (17/22 tissues, 6/6 cell lines), but not in the benign tissues (0/10) and normal PrEC cells. Integration of LNCaP DNA methylation and H3K4me3 data suggested an epigenetic mechanism for alternate transcription start site utilization, and these modifications segregated into distinct regions when present on the same promoter. Finally, we observed differences in repeat element methylation, particularly LINE-1, between ERG gene fusion-positive and -negative cancers, and we confirmed this observation using pyrosequencing on a tissue panel. This comprehensive methylome map will further our understanding of epigenetic regulation in prostate cancer progression.

PMID:21724842

Professional Development Award

University of Michigan Department of Pathology REWARD Employee Recognition Program

  Nallasivam Palanisamy, Ph.D.
Michigan Center for Translational Pathology

Received the "Recognition of Professional Development Award"
  Department of Pathology - May 25, 2011.

Publication in Cancer Discovery

Abstract:

Using an integrative genomics approach called amplification breakpoint ranking and assembly analysis, we nominated KRAS as a gene fusion with the ubiquitinconjugating enzyme UBE2L3 in the DU145 cell line, originally derived from prostate cancer metastasis to the brain. Interestingly, analysis of tissues revealed that 2 of 62 metastatic prostate cancers harbored aberrations at the KRAS locus. In DU145 cells, UBE2L3-KRAS produces a fusion protein, a specific knockdown of which attenuates cell invasion and xenograft growth. Ectopic expression of the UBE2L3-KRAS fusion protein exhibits transforming activity in NIH 3T3 fibroblasts and RWPE prostate epithelial cells in vitro and in vivo. In NIH 3T3 cells, UBE2L3-KRAS attenuates MEK/ERK signaling, commonly engaged by oncogenic mutant KRAS, and instead signals via AKT and p38 mitogen-activated protein kinase (MAPK) pathways. This is the first report of a gene fusion involving the Ras family, suggesting that this aberration may drive metastatic progression in a rare subset of prostate cancers.Significance: This is the first description of an oncogenic gene fusion of KRAS, one of the most studied proto-oncogenes. KRAS rearrangement may represent the driving mutation in a rare subset of metastatic prostate cancers, emphasizing the importance of RAS-RAF-MAPK signaling in this disease.
Cancer Discovery; 1(1). © 2011 AACR.

Publication in Cancer Cell

Cancer Cell. 2011 May 17;19(5):664-78.

Mechanistic Rationale for Inhibition of Poly(ADP-Ribose) Polymerase in ETS Gene Fusion-Positive Prostate Cancer.

Brenner JC, Ateeq B, Li Y, Yocum AK, Cao Q, Asangani IA, Patel S, Wang X, Liang H, Yu J, Palanisamy N, Siddiqui J, Yan W, Cao X, Mehra R, Sabolch A, Basrur V, Lonigro RJ, Yang J, Tomlins SA, Maher CA, Elenitoba-Johnson KS, Hussain M, Navone NM, Pienta KJ, Varambally S, Feng FY, Chinnaiyan AM.

Abstract

Recurrent fusions of ETS genes are considered driving mutations in a diverse array of cancers, including Ewing's sarcoma, acute myeloid leukemia, and prostate cancer. We investigate the mechanisms by which ETS fusions mediate their effects, and find that the product of the predominant ETS gene fusion, TMPRSS2:ERG, interacts in a DNA-independent manner with the enzyme poly (ADP-ribose) polymerase 1 (PARP1) and the catalytic subunit of DNA protein kinase (DNA-PKcs). ETS gene-mediated transcription and cell invasion require PARP1 and DNA-PKcs expression and activity. Importantly, pharmacological inhibition of PARP1 inhibits ETS-positive, but not ETS-negative, prostate cancer xenograft growth. Finally, overexpression of the TMPRSS2:ERG fusion induces DNA damage, which is potentiated by PARP1 inhibition in a manner similar to that of BRCA1/2 deficiency.

PMID:21575865

Publication in Oncogene

Oncogene. 2011 May 2. [Epub ahead of print]
The tumor suppressor gene rap1GAP is silenced by miR-101-mediated EZH2 overexpression in invasive squamous cell carcinoma.

Banerjee R, Mani RS, Russo N, Scanlon CS, Tsodikov A, Jing X, Cao Q, Palanisamy N, Metwally T, Inglehart RC, Tomlins S, Bradford C, Carey T, Wolf G, Kalyana-Sundaram S, Chinnaiyan AM, Varambally S, D'Silva NJ.

Abstract

Rap1GAP is a critical tumor suppressor gene that is downregulated in multiple aggressive cancers, such as head and neck squamous cell carcinoma, melanoma and pancreatic cancer. However, the mechanistic basis of rap1GAP downregulation in cancers is poorly understood. By employing an integrative approach, we demonstrate polycomb-mediated repression of rap1GAP that involves Enhancer of Zeste Homolog 2 (EZH2), a histone methyltransferase in head and neck cancers. We further demonstrate that the loss of miR-101 expression correlates with EZH2 upregulation, and the concomitant downregulation of rap1GAP in head and neck cancers. EZH2 represses rap1GAP by facilitating the trimethylation of histone 3 at lysine 27, a mark of gene repression, and also hypermethylation of rap1GAP promoter. These results provide a conceptual framework involving a microRNA-oncogene-tumor suppressor axis to understand head and neck cancer progression.Oncogene advance online publication, 2 May 2011; doi:10.1038/onc.2011.141.

PMID:21532618

Publication in Science Translational Medicine

Sci Transl Med. 2011 Apr 6;3(77):77ra30.

CD44-SLC1A2 Gene Fusions in Gastric Cancer.

Tao J, Deng NT, Ramnarayanan K, Huang B, Oh HK, Leong SH, Lim SS, Tan IB, Ooi CH, Wu J, Lee M, Zhang S, Rha SY, Chung HC, Smoot DT, Ashktorab H, Kon OL, Cacheux V, Yap C, Palanisamy N, Tan P.

Abstract

Fusion genes are chimeric genes formed in cancers through genomic aberrations such as translocations, amplifications, and rearrangements. To identify fusion genes in gastric cancer, we analyzed regions of chromosomal imbalance in a cohort of 106 primary gastric cancers and 27 cell lines derived from gastric cancers. Multiple samples exhibited genomic breakpoints in the 5' region of SLC1A2/EAAT2, a gene encoding a glutamate transporter. Analysis of a breakpoint-positive SNU16 cell line revealed expression of a CD44-SLC1A2 fusion transcript caused by a paracentric chromosomal inversion, which was predicted to produce a truncated but functional SLC1A2 protein. In primary tumors, CD44-SLC1A2 gene fusions were detected in 1 to 2% of gastric cancers, but not in adjacent matched normal gastric tissues. When we specifically silenced CD44-SLC1A2, cellular proliferation, invasion, and anchorage-independent growth were significantly reduced. Conversely, CD44-SLC1A2 overexpression in gastric cells stimulated these pro-oncogenic traits. CD44-SLC1A2 silencing caused significant reductions in intracellular glutamate concentrations and sensitized SNU16 cells to cisplatin, a commonly used chemotherapeutic agent in gastric cancer. We conclude that fusion of the SLC1A2 gene coding region to CD44 regulatory elements likely causes SLC1A2 transcriptional dysregulation, because tumors expressing high SLC1A2 levels also tended to be CD44-SLC1A2-positive. CD44-SLC1A2 may represent a class of gene fusions in cancers that establish a pro-oncogenic metabolic milieu favoring tumor growth and survival.

PMID: 21471434

Publication in Clinical Cancer Research

Clin Cancer Res. 2011 Mar 17. [Epub ahead of print]

Genomic Loss of miR-486 Regulates Tumor Progression and the OLFM4 Anti-apoptotic Factor in Gastric Cancer.

Oh HK, Tan AL, Das K, Ooi CH, Deng NT, Tan IB, Beillard E, Lee J, Ramnarayanan K, Rha SY, Palanisamy N, Voorhoeve PM, Tan P.

Cellular and Molecular Research, National Cancer Centre, Singapore.

Abstract

PURPOSE: MicroRNAs (miRNAs) play pivotal oncogenic and tumor suppressor roles in several human cancers. We sought to discover novel tumor suppressor miRNAs in gastric cancer (GC).

EXPERIMENTAL DESIGN: Using Agilent miRNA microarrays, we compared miRNA expression profiles of 40 primary gastric tumors and 40 gastric normal tissues, identifying miRNAs significantly downregulated in gastric tumors.

RESULTS: Among the top 80 miRNAs differentially expressed between gastric tumors and normals (FDR<0.01), we identified hsa-miR-486 (miR-486) as a significantly downregulated miRNA in primary GCs and GC cell lines. Restoration of miR-486 expression in GC cell lines (YCC3, SCH and AGS) caused suppression of several pro-oncogenic traits, while conversely inhibiting miR-486 expression in YCC6 GC cells enhanced cellular proliferation. Array-CGH analysis of 106 primary GCs revealed genomic loss of the miR-486 locus in ~25-30% of GCs, including two tumors with focal genomic losses specifically deleting miR-486, consistent with miR-486 playing a tumor suppressive role. Bioinformatic analysis identified the secreted anti-apoptotic glycoprotein OLFM4 as a potential miR-486 target. Restoring miR-486 expression in GC cells decreased endogenous OLFM4 transcript and protein levels, and also inhibited expression of luciferase reporters containing a OLFM4 3' untranslated region (UTR) with predicted miR-486 binding sites. Supporting the biological relevance of OLFM4 as a miR-486 target, proliferation in GC cells was also significantly reduced by OLFM4 silencing.

CONCLUSIONS: miR-486 may function as a novel tumor suppressor miRNA in GC. Its anti-oncogenic activity may involve the direct targeting and inhibition of OLFM4.

PMID: 21415212